“紫石英号”在镇江停留期间，修复了被炮弹打坏的船舱。对英军究竟是作为俘虏还是作为客人看待，上级没有明确指示。看管部队每天供给船上必要的燃料，没有派人上舰监视或缴下武器。5月24日，“紫石英号”舰长克仁斯来到镇江前线司令部，拜见袁仲贤将军和康矛召政委。克仁斯当面向袁仲贤将军递交了英国远东舰队司令布朗特将军的信。信中称：
“‘紫石英偶然事件’的讨论已由英国大使在南京开始，此属高级外交范围之事，我无权决定在“紫石英号”舰长与中国人民解放军之间作关于4月20日不幸事件的责任问题的任何讨论……我请求准许“紫石英号”安全通过所有为中国人民解放军所控制的地方而下驶。”袁仲贤阅信后表示，英方必须首先承认错误，道歉后才能考虑放行的问题。5月27日和31日，克仁斯又接连转来布朗特上将给袁仲贤的电函，诡称“紫石英号”系执行“和平使命”而被炮火击伤，其他英舰系前往救援，因而“英国诸舰对此事件是没有责任的”。这等于完全拒绝了中方的要求。谈判陷入僵局。
这时，上海已经全部解放。英国政府请曾在抗战期间担任英国驻华军事代表团团长，和周恩来有过来往的魏亚特将军出面斡旋。6月6日，魏亚特身穿西装便服出现在南京，请南京军管会外事处长黄华转交一封致周恩来的私人信件。信中声称：“英舰‘紫石英号’如承阁下设法放行，则在本国内将发生极良好之反响，忝在旧交，谨为建议，谅勿以唐突见责为幸。”
6月10日，周恩来以军委名义起草了《对英国军舰紫石英号的处理办法》的复电，指示总前委：“你们可令前线司令部康矛召以公函通知“紫石英号”舰长克仁斯定期至我司令部与袁仲贤将军会谈。届时，袁仲贤可根据英舰四艘武装侵入中国内河及炮轰我军阵地的基本事实，将英远东舰队司令布朗特两次函电及克仁斯几次备忘录的无理和威胁词句给以口头驳斥。在会谈中应注意劝导其承认英国军舰闯入未得解放军许可的中国领水和战区为基本错误，至少应劝导其承认无法取得我军同意即行开入亦为冒失行为，然后，才能允予考虑将谈判英国海军的责任及认错、道歉、赔偿等问题，与容许紫石英号军舰开走修理问题分开解决。”周恩来还对“紫石英号”可能逃走的问题指示了对策：“你们估计‘紫石英号’一般的不会偷走，但应准备该舰如采取偷走办法时的对策。我们认为，如果‘紫石英号’采取偷走办法，我方军舰及江岸炮兵应装作不知道是‘紫石英号’，而让其逃去（此点应事先秘密通知有关方面）不要攻击，然后迅即发表声明加以申斥。……我们应严密戒备吴淞、江阴两要塞，如果‘紫石英号’经过江阴偷走，可不予炮击。”当时上海已经解放，各种工作千头万绪，中央希望能尽快解决“紫石英号”的问题，避免牵扯过多的精力，避免国际冲突。
然而几次谈判，没有取得进展。英方坚持是解放军先打的他们，拒绝承认错误和道歉。南京市委将情况报告中央。6月23日毛泽东复电：“对‘紫石英号’的方针，必须让英方承认不得人民解放军同意擅自侵入中国内河是错误的这一点（不着重谁先开枪，因为这是没有多大关系的，重要的是擅自侵入内河，只要是擅自侵入，我军就必须打它和扣留它；也不要着重正当渡江的时机，重要的是擅自侵入人民解放军控制的内河，不管什么时机，都是不能许可的），才能释放，否则决不能释放。”
袁仲贤、康矛召根据中央指示的立场再次与英方谈判。7月初，克仁斯在谈判桌上问康矛召，中方可否接受如下的说法：“我承认英国皇家海军‘紫石英号’及其他三艘肇事英舰未得中国人民解放军的许可，进入中国内河及中国人民解放军前线地带，是英方在长江事件上的基本错误。”
康矛召应克仁斯的要求，提出了中方要求的用语：布朗特海军上将“承认‘紫石英号’及其他三艘肇事英舰未得中国人民解放军的许可，擅自侵入中国内河及中国人民解放军战区，是英方的基本错误。”
克仁斯提出说：“‘侵入’（INVADE）是有意引起战争的意思，例如说是侵犯主权。是否可以把我在上面所说的‘进入’（ENTER）这一词改换为‘侵及’（INFRlINGE）呢？”
至此，康矛召觉得这次谈判已是带有实质性的谈判了，双方的意见也似乎接近了。因而，康矛召表示说：“这个用词问题，我们可以在下次商定。”
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